Higher Education and Research in Agronomy

Sensometrics
2012

Packages

Dispositif pédagogique

La première année de cette spécialité du Master est dédiée à un enseignement dont l'objectif est d'acquérir des compétences en statistique et des compétences générales dans les principaux domaines des sciences agronomiques et agro-alimentaires.

La deuxième année comporte 11 semaines de cours plus spécialisés (approfondissement des différentes méthodes statistiques). Les 9 semaines suivantes sont consacrées à la réalisation d'un projet professionnalisant. Et enfin les six derniers mois sont dédiés au stage de fin d'étude.

L'étudiant adapte de plus son cursus à son projet de formation par son choix :

  • de modules dans le domaine de l'environnement, des productions végétales ou animales, de l'agro-alimentaire, de la génétique,
  • des projets réalisés en cours de formation,
  • de son mémoire de fin d'études.

Analyse des données multidimensionnelles et text mining

Responsable

Intervenants

Objectif

Rendre les étudiants autonomes dans la mise en œuvre des méthodes usuelles d’analyse des données.

Programme

  • Analyse en composantes principales,
  • Analyse factorielle des correspondances,
  • Analyse des correspondances multiples,
  • Classification ascendante hiérarchique,

Les méthodes sont présentées de façon essentiellement géométrique, en limitant les exposés théoriques aux aspects nécessaires à leur utilisation. Une importance particulière est accordée aux problématiques dans lesquelles ces méthodes sont particulièrement précieuses. De nombreuses études de cas illustrent les méthodes.

Prérequis

UC Modèle linéaire et analyse des données

Nombres d'heures

28 heures

Mode d'évaluation

Examen en temps limité (2 heures) ; question théorique + étude de cas.

Bibliographie

Husson F., Lê S. & Pagès J. (2009) Analyse des données avec R. 224 p. Presses Universitaires de Rennes.
Escofier B., Pagès J. (2008) : Analyses Factorielles Simples et Multiples. 4e éd. 318p Dunod.
Lebart L., Morineau A. et Piron M. (2006) Statistique exploratoire multidimensionnelle. 4e éd. 464p Dunod.

Analyse statistique de données biologiques de type Xomique

Responsable

Intervenants

Sébastien Lê, Maela Kloareg

Objectif

La génétique moléculaire connaît une révolution méthodologique sans précédent permettant de quantifier simultanément l’expression non plus d’un seul gène mais de milliers de gènes. Ces nouvelles approches dites de transcriptomique, de protéomique ou encore de métabolomique, qui se développent de plus en plus, demandent aux biologistes moléculaires de s’ouvrir aux statistiques.
Ce module constitue un élément essentiel pour atteindre une double compétence “ biologiste/statisticien ” particulièrement appréciée dans les laboratoires de recherche mettant en œuvre ces approches. Il a pour objectif de vous rendre autonomes (maîtrise des concepts et savoir-faire, développement de l’esprit critique) face aux questionnements biologiques les plus fréquents issus de ces approches à haut débit ou issus d’approches plus classiques (qui peut le plus peut le moins).

Programme

  1. Introduction
    1. Méthodes de génération des données à haut débit
    2. Plans d’expérience et normalisation des données
    3. Introduction au langage “ R ” de programmation
  2. Questions biologiques et Analyses statistiques pour y répondre
    1. Quels sont les gènes différentiellement “ exprimés ” entre conditions analysées ?
    2. Y-a-t-il des groupes de gènes ayant des comportements similaires ET/OU des groupes d’échantillons de profils géniques similaires ?
    3. Y-a-t-il des liens entre les niveaux d’expressions géniques et les niveaux d’autres variables par exemple de type métaboliques ?

Nombres d'heures

25 heures de cours/TD

Mode d'évaluation

Examen écrit

Planification expérimentale

Responsable

Intervenants

Objectif

Rendre les étudiants autonomes dans la construction et l'analyse de plans d'expériences classiques.

Programme

Rappels sur le modèle linéaire : Régression simple et multiple, analyse de variance à k facteurs croisés.
Intérêt de la planification expérimentale.
Plans complets : Propriétés, choix d'un modèle.
Plans fractionnaires : Détermination et/ou choix des confusions entre facteurs ; choix d'un plan complémentaire ; dépouillement .
Plans pour facteurs qualitatifs à nombre quelconque de modalités.
Plans pour étudier des surfaces de réponses : plans composites centrés ; plans de Box-Behnken ; analyse d'une surface de réponse.

Prérequis

UC Modèle linéaire et analyse des données

Nombres d'heures

28 heures de cours

Mode d'évaluation

Examen en temps limité (2 heures)

Bibliographie

Pagès J. (2010) Statistiques générales pour utilisateurs. Méthodologie. 2e ed. 264 p. Presses Universitaires de Rennes.
Husson F. & Pagès J. (2005) Statistiques générales pour utilisateurs. Exercices et corrigés. 324 p. Presses Universitaires de Rennes.
Sado G. & Sado M.-C. (1991). Les plans d’expériences. 266 p. Afnor technique.
Benoist D., Tourbier Y. et Germain-Tourbier S. (1994). Plans d’expériences : construction et analyse. 700 p. Tec Doc Lavoisier.
Goupy J. (1998) La méthode des plans d'expériences. Dunod.

Sensométrie

Responsable

Objectif

L'évaluation sensorielle de produits est un élément stratégique du développement des entreprises du secteur agro-alimentaire. Elle vise à caractériser les produits à la fois du point de vue de leurs propriétés organoleptiques et du point de vue des préférences qu'ils suscitent auprès des consommateurs. De ce fait, elle est à la croisée des chemins entre la recherche - développement et le marketing.

Ces évaluations sensorielles nécessitent toujours de volumineux recueils de données. La statistique est l'outil majeur de conception et d'analyse de telles données.

Ce module présente les principales méthodologies statistiques utilisées en analyse sensorielle. Mais la plupart de ces méthodologies s'appliquent, avec bonheur, à bien d'autres domaines.

Programme

  • Bases physiologiques et culturelles de l'analyse sensorielle
  • Planification de séances de dégustation (maîtrise de l'effet du rang, de l'arrière-effet d'un produit, etc) : construction de plan en Blocs Incomplets Equilibrés, de plans optimaux, de plans équilibrés pour les voisinage
  • Performance d'un jury ou d'un juge (répétabilité, reproductibilité, interaction juge-produit, etc.) : analyse de variance à effets aléatoires et mixtes.
  • Construction d'espaces produits - stratégies multidimensionnelles : ACP, positionnement multidimensionnel
  • Relation entre préférences de consommateur, évaluations d'experts, données techniques et physico-chimiques : cartographie des préférences, segmentation des consommateurs

Nombres d'heures

28 heures

Mode d'évaluation

Projet

Statistique et aide à la décision

Responsable

Objectif

Le module a pour but de fournir aux étudiants les éléments leur permettant d'aborder des problèmes de décision en contexte aléatoire. En particulier, il est centré sur la modélisation statistique du risque.

Ce module vise également à lever les blocages méthodologiques ou techniques des étudiants confrontés aux problèmes statistiques de la biologie ou de l'agronomie.

Programme

Afin d'établir un équilibre entre acquisition de connaissances et de savoir-faire, le programme du module donne une égale importance, en termes de volume horaire, aux cours, aux séances de travaux dirigés et aux séances de traitement statistique de données à l'aide de logiciels.

Chaque notion abordée est illustrée par un ou plusieurs exemples dans le domaine de l'agronomie au sens large.

Le programme de ce module comporte 4 blocs de 3 séances dont les contenus sont détaillés dans la suite, séance par séance et de manière chronologique :

  • Analyse de données catégorielles (tests du chi-2)
  • Modèle statistique du risque (modèle logistique)
  • Analyse d'un modèle de risque (analyse de la déviance, sélection de modèle)
  • Décision (discrimination logistique, arbre de décision, ...)

Prérequis

Régression linéaire, Analyse de la variance

Nombres d'heures

28 heures

Mode d'évaluation

Examen écrit en temps limité.

Bibliographie

An Introduction to Generalised Linear Models par Annette J. Dobson
Modelling Binary Data par D. Collett, David Collett, et Collett Collett

Langage C

Responsable

Objectif

Ce module de "Langage C" vise à présenter le langage de programmation C, à pratiquer l'algorithmique (procédurale) et à initier les étudiants au calcul scientifique (c'est à dire à l'utilisation de l'ordinateur pour des applications scientifiques) et à l'interfaçage R.

Programme

Ce cours est composé de trois parties distinctes. Une partie théorique de rappels d'algorithmique procédurale, de rappel sur le fonctionnement des ordinateurs et de présentation des spécificités du langage C (en particulier la manipulation de pointeurs). Une large partie amenant à découvrir le langage C au moyen de TP (lectures de fichiers, manipulation des tableaux, ...). Une troisième partie est consacrée à une réalisation pratique sous la forme d'un mini-projet.

En fonction du niveau du groupe, deux séances peuvent être consacrés à l'apprentissage de l'utilisation de ce langage pour développer des fonctions efficaces pour R.

Prérequis

Quelques notions algorithmiques sont les bienvenues, mais pas indispensables.

Mode d'évaluation

Examen écrit et projet

Risques agro-environnementaux et sanitaires

Responsable

Christophe Cudennec

Intervenants

Christophe Cudennec, Pierre Aurousseau, Caroline Lelaidier, V. Van Tilbeurgh

Objectif

Ce module vise à donner les bases de l’évaluation et de la gestion des risques, et d’envisager la diversité des enjeux et des méthodes, en illustrant avec différents exemples agronomiques, environnementaux et sanitaires.

Programme

  • Concepts et définitions génériques des risques et des crises
  • Risques naturels événementiels, analyse fréquentielle, prévention et protection par l’aménagement du territoire (aléa/vulnérabilité)
  • Risques agro-environnementaux diffus et multifactoriels, méthodes combinatoires et hiérarchiques
  • Risques sanitaires chroniques, méthodes épidémiologiques et écotoxicologiques (danger/exposition)
  • Risques et crises alimentaires récentes, aspects vétérinaires et organisationnels
  • Analyse d’accident par retour d’expérience et arbre des causes ; Prévention a priori par la méthode HACCP
  • Incertitudes, innovation, risques émergents, prospective, expertise
  • Sociologie du risque, perception et acceptabilité sociales

Mode d'évaluation

Examen écrit de 2 heures sans documents, présentation du projet

Bioinformatique

Responsable

Frédéric Lecerf

Objectif

Devant l’accumulation des données de biologie moléculaire (génome, transcriptome et protéome), l’usage de l’informatique, et plus particulièrement la bioinformatique, est devenu un élément central dans l’exploitation de résultats expérimentaux en biologie moléculaire et il importe que les ingénieurs :

  • comprennent les méthodes mises en œuvre dans les logiciels utilisés dans les laboratoires pour en tirer le meilleur parti
  • soient capables d’utiliser efficacement les différentes données et les différents outils disponibles pour répondre à leurs problématiques

Ce module est principalement centré sur les méthodes informatiques mises en œuvre pour aligner des séquences. Les alignements ont des applications nombreuses et les différentes méthodes abordées seront utilisées pour traiter des questions fréquentes en biologie. L'environnement bioinformatique (banque de données) sera aussi évoqué, ainsi que des approches plus spécifiques (méthode de prédiction de gènes, analyse de promoteurs, etc.).

Programme

  1. Qu’est-ce qu’un alignement de séquences ?
  2. Méthodes d’alignement de séquences
  3. Présentation des banques et des différents BLAST
  4. Alignements multiples
  5. Présentation de sites web
  6. Prédiction de gènes
  7. GO ! Gene Ontology
  8. Recherche et découverte de motifs

Imagerie numérique

Intervenants

Louis Bonneau de Beaufort, Hervé Nicolas

Objectif

Appropriation de l'objet « image » et des opérations permettant d'en extraire des informations pertinentes.

Programme

Introduction aux images numériques, rappels d'optique et de géométrie, notion de signal, de voisinage et de connexité.
Couleurs, codage et stockage des images numériques, traitement du signal.
Opérations élémentaire, filtres, morphologie mathématique.
Détection de contours, classification et segmentation d'images.
Présentations d'applications agro-alimentaires, médicales, ou d'aménagement du territoire

Prérequis

Curiosité intellectuelle.

Mode d'évaluation

Examen écrit

Management de projet

Objectif

Le projet, ensemble de tâches cohérentes, liées, limitées dans le temps, le coût et l’espace, est un concept qui se développe de plus en plus dans le management des entreprises agro-alimentaires. L’objectif du module est de sensibiliser les étudiants à ce concept par une approche théorique s’appuyant sur des études de cas.

Programme

Le management des projets : vue d’ensemble, cycle de vie d’un projet, organisation, acteurs.
Elaboration du plan d’action : préparation, construction, estimation et risque, finalisation.
Conduite des projets : organisation du contrôle, pilotage des réalisations, le « métier » de chef de projet.
Synthèse – référentiel

Mode d'évaluation

Examen écrit

Méthodes de développement d'applications informatiques

Responsable

Christine Largouët

Objectif

Comprendre les concepts objets et être capable de spécifier une nouvelle application informatique à l'aide d'UML (Unified Modeling Language). Tout au long du module, l'accent est mis sur la capacité à raisonner selon la notion d'objet afin de proposer l'analyse la  plus juste possible pour répondre à un besoin spécifique en informatique. L'ingénieur agronome ayant ici un rôle de médiateur entre les acteurs du domaine et les informaticiens.

Programme

Présentation des concepts objets (objet, classe, généralisation-spécialisation, héritage, polymorphisme). Les différents diagrammes constituants le langage UML sont présentés et mis en pratique dans de nombreux TD.

Mode d'évaluation

Projet

Algorithmique et programmation

Responsable

Objectif

Ce cours d'initiation s'adresse à des étudiants ayant peu de connaissances en informatique et désirant s’initier à la programmation.

Programme

Il s'agit d'établir les bases algorithmiques : notions de variables et déclaration, structures de données (tableaux, files,
piles), structures de contrôle élémentaires (conditionnelle, tests logiques, boucle). Les concepts algorithmiques doivent être intégrés
indépendamment d'un langage de programmation, c'est pourquoi les problèmes sont résolus à l'aide du pseudo-code.
Durant les dernières séances et selon le niveau d’avancement du groupe, les étudiants écrivent et exécutent leurs algorithmes à l’aide du langage de
programmation python.

Prérequis

Quelques notions algorithmiques sont les bienvenues, mais pas indispensables.

Mode d'évaluation

Examen écrit

Langage Java

Responsable

Objectif

Introduction à la programmation "objet". Développement de petites applications en Java

Programme

Syntaxe de base du langage JAVA
Création d'une classe simple : attributs, méthodes, constructeurs
Concepts objets : héritage, surcharge/redéfinition, classe abstraite, interface
Gestion des entrées/sorties
Ce module fait l'objet de nombreux TP de programmation et d'une étude de cas qui est notée.

Mode d'évaluation

Examen écrit et projet

Logiciels statistiques

Programme

  • SAS, Splus, Spad, Matlab.
  • Utilisation des procédures. Programmation.
  • Documentation : SAS, MATLAB SPLUS

Nombres d'heures

20h de TD

Modèle linéaire et analyse des données

Responsable

Intervenants

Jérôme Pagès, Marine Cadoret, Magalie Houée-Bigot , Julie Josse, Maela Kloareg

Objectif

Rendre les étudiants autonomes dans les traitements statistiques les plus courants.

Programme

Modèle linéaire (Y = Xβ + ε) : régression linéaire multiple ; analyse de la variance à plusieurs facteurs croisés.
Initiation à la planification expérimentale (plans fractionnaires).
Analyse des données : analyse en composantes principales.

Prérequis

UC Statistique générale; Algèbre linéaire : représentation géométrique dans un espace vectoriel, calcul matriciel, orthogonalité, projection

Nombres d'heures

8 h de cours et 20 h de travaux dirigés

Mode d'évaluation

deux examens écrits en TD (2 x 1h) + projet à rendre et à soutenir oralement peu après le dernier TD.

Bibliographie

Pagès J. (2010) Statistiques générales pour utilisateurs. Méthodologie. 2e ed. 264 p. Presses Universitaires de Rennes.
Husson F. & Pagès J. (2005) Statistiques générales pour utilisateurs. Exercices et corrigés. 324 p. Presses Universitaires de Rennes. 300p.

Statistique générale

Responsable

Intervenants

Objectif

Donner aux étudiants les outils de base du traitement statistique.

Programme

Statistique exploratoire univariée.
Estimation ponctuelle et par intervalle.
Comparaison de deux moyennes ; comparaison de deux variances.
Analyse de variance à un et deux facteurs (sans interaction) : modèle, estimation, tests.
Etude de la liaison entre deux variables quantitatives ; corrélation ; régression simple (modèle, estimation, test).

Prérequis

fonction de densité d'une variable, variables aléatoires binomiale, hypergéométrique et normale

Nombres d'heures

10h de cours et 18h de travaux dirigés

Mode d'évaluation

deux examens écrits en TD (2 x 1h) + projet à rendre et à soutenir oralement peu après le dernier TD.

Bibliographie

Pagès J. (2010) Statistiques générales pour utilisateurs. Méthodologie. 2e ed. 264 p. Presses Universitaires de Rennes.
Husson F. & Pagès J. (2005) Statistiques générales pour utilisateurs. Exercices et corrigés. 324 p. Presses Universitaires de Rennes. 300p.

Système de gestion de bases de données

Objectif

Apprendre à réfléchir et à analyser un problème avant de chercher à le traiter avec un outil (quel qu'il soit). L'enseignement est centré sur l'apprentissage de la gestion de bases de  données relationnelles. À l'issue, l'étudiant doit être capable de construire un modèle de base  de données adapté aux spécificités d'un problème, de formuler des  requêtes et de s'adapter à tout système de gestion, cela grâce à la  compréhension des principes fondamentaux qu'il aura acquis.

Programme

  • Préambule sur la gestion de données et l'intérêt des bases de données.
  • Modèle relationnel et normalisation : dictionnaire de données, dépendances fonctionnelles, clefs et formes normales.
  • Requêtes : algèbre relationnelle et introduction au SQL

Le cours s’appuie sur de nombreuses études de cas et des applications  sur les systèmes de gestion de bases de données Access et MySQL.

Mode d'évaluation

Examen écrit

Stage de fin d'études

Programme

Suivi du stage

Le stage est suivi par le tuteur enseignant, par courrier électronique essentiellement, et par le tuteur de l'entreprise, sur place.

Tutorat universitaire

Tous les enseignants intervenant dans la formation participent à l’encadrement des stagiaires.

Tutorat professionnel

Les entreprises désignent les tuteurs professionnels.

Nombres d'heures

6 mois minimum

Mode d'évaluation

Le stage est évalué par un rapport écrit, et une soutenance orale devant un jury comportant en général trois personnes : le tuteur de l'entreprise, le tuteur enseignant et un autre enseignant.

Analyse de données textuelles

Intervenants

Objectif

Rendre les étudiants autonomes dans l’application des méthodes d’analyse des données aux questions ouvertes dans les enquêtes.

Programme

  • Les textes comme données statistiques
  • Glossaires de mots et segments. Concordances.
  • Codification des textes  
  • Méthodes d’analyse
    • Analyse de correspondances en analyse textuelle
    • Mots et réponses caractéristiques
    • Classification en analyse textuelle
    • Analyse factorielle multiple étendue aux tableaux de contingence
  • Autres types d’application

Les méthodes sont présentées à partir d’une étude de cas. Les  exposés théoriques sont principalement des rappels de méthodes étudiées dans d’autres modules. La problématique des questions ouvertes dans les enquêtes est privilégiée, bien que d’autres applications soient aussi mentionnées.

Prérequis

Module Analyses factorielles

Nombres d'heures

20h

Mode d'évaluation

Etude de cas

Bibliographie

Escofier B., Pagès J. (2008) : Analyses Factorielles Simples et Multiples. 4e éd. 318p Dunod.
Lebart L., Salem  A. (1994) Statistique textuelle. 342p Dunod.
Lebart L., Salem A., Berry L. (1998) Exploring textual data. 264 p Kluwer Academic Publishers

Analyse de la variance

Responsable

Intervenants

Objectif

Connaître les principaux modèles d'analyse de variance.

Programme

  • Analyse de variance à effets fixes
    • Modèle à 1 facteur
    • Modèle à 2 facteurs et plus avec interaction
    • Hypothèses, estimation, table ANOVA
    • Tests de comparaisons multiples, contrastes.
  • Analyse de variance à effets aléatoires
    • Modèle à 1 facteur, 2 facteurs et plus avec interaction
    • Estimation des composantes de la variance
  • Analyse de variance à effets mixtes
    • Modèle à 2 facteurs et plus avec interaction
    • Estimation des composantes de la variance
  • Analyse de variance avec effets hiérarchisés
  • Analyse de la covariance Comparaison de droites de régression

Prérequis

UC Statistique générale - Algèbre linéaire : représentation géométrique dans un espace vectoriel, calcul matriciel, orthogonalité, projection

Nombres d'heures

8h de cours et 16h de travaux dirigés

Mode d'évaluation

Examen écrit de (2 h) + étude statistique

Bibliographie

  • DAGNÉLIE P. (1998) Statistique théorique et appliquée De Boeck & Larcier.
  • MC CULLAGH P. & NELDER J.A. (1989) Generalized linear models Chapman & Hall
  • Sahai H. & Ageel M.I. (2000) The analysis of variance : Fixed random and Mixed models, Birkhäuser Boston
  • SCHEFFE H. (1959) The analysis of variance Wiley
  • CISIA-CERESTA. (1995) : Aide mémoire pratique des techniques statistique

Analyse discriminante

Responsable

Philippe Michel (Statisticien au ministère de l'Agriculture)

Intervenants

Philippe Michel (Statisticien au ministère de l'Agriculture)

Objectif

Rendre les étudiants autonomes dans la pratique de l’analyse discriminante.

Programme

  • Analyse Factorielle Discriminante Linéaire
  • Compléments
  • Cas particulier de deux groupes
  • Analyse Discriminante « bayésienne »
  • Exemple

Prérequis

Calcul matriciel, Analyse Factorielle

Nombres d'heures

12 heures de cours

Mode d'évaluation

Examen écrit avec documents

Bibliographie

  • Nakache JP & Confais J (2003) Statistique explicative appliquée. 278 p. Editions Technip.
  • Huberty CJ (1994) Applied discriminant analysis. 324 p. J. Wiley.
  • Saporta G (1990) Probabilités Analyse des données et Statistique. 488 p. Editions Technip.

Analyse factorielle

Responsable

Objectif

Rendre les étudiants autonomes dans l’analyse factorielle de tableaux multiples.

Programme

Analyse en composantes principales
Analyse factorielle des correspondances
Analyse des correspondances multiples
Analyse factorielle multiple
Analyse procustéenne
Modèle Indscal
Analyse factorielle multiple hiérarchique

Prérequis

UC Modèle linéaire et analyse des données ; UC Analyse des données multidimensionnelles et text mining

Nombres d'heures

28

Mode d'évaluation

Examen en temps limité (2 heures) ; question théorique + étude de cas.

Bibliographie

Husson F., Lê S. & Pagès J. (2009) Analyse des données avec R. 224 p. Presses Universitaires de Rennes.
Escofier B., Pagès J. (2008). Analyses Factorielles Simples et Multiples. 4e éd. 318p Dunod.

Classification

Responsable

Intervenants

Objectif

Rendre les étudiants autonomes dans la classification automatique.
Programmer une macro SAS permettant de réaliser une classification avec l’algorithme des centres mobiles.

Programme

  • Classification ascendante hiérarchique.
  • Méthodes de partitionnement direct.
  • Modèles de mélange.
  • Classification de variables continues.

Nombres d'heures

15 heures de cours

Mode d'évaluation

Examen écrit et projet

Modélisation non-linéaire et non-paramétrique

Responsable

Objectif

Ce module a pour objectif de prolonger les connaissances et compétences acquises dans les modules de 1ère année en matière de modélisation linéaire, à des situations nécessitant le recours, soit à des méthodes d'estimation plus complexes, soit à des modèles intégrant des effets non-linéaires. A titre illustratif, l'analyse de données à haut-débit telles que celles issues de spectrométrie proche infra-rouge nécessite des méthodes statistiques adaptées à la grande dimension des données (PLS, LASSO, ...) et des modèles statistiques tenant compte du caractère fonctionnel des spectres (Splines, GAM, ...).

L'enseignement donne une place importante à l'analyse effective de données par l'utilisation de différentes librairies de l'environnement libre d'analyse statistique R. Il insiste aussi sur la nécessaire interaction entre le statisticien et son interlocuteur dans la démarche de modélisation.

Programme

 Le module est divisé en quatre blocs :

Prérequis

Modèle linéaire, Modèle linéaire généralisé

Nombres d'heures

38

Mode d'évaluation

Examen écrit en temps limité.

Méthodes bayésiennes

Responsable

Intervenants

Julie Josse, Jean-Baptiste Denis, Etienne Rivot

Objectif

Initier les étudiants aux méthodes Bayesiennes et aux réseaux Bayesiens

Programme

Statistique Bayésienne :
Historique – Approche Bayesienne / Approche Fréquentiste
Inférence Bayésienne (théorème de Baye, loi a priori, loi a posteriori)
Introduction aux méthodes d’estimation par simulation de Monte-Carlo
Quelques modèles

Réseaux Bayésiens :
Motivation-Exemples
Cadre formel (définition, propriétés)
Construction- unicité - causalité  - variable discrète, continue

L’approche Bayesienne est présentée à travers de nombreux exemples concrets ( halieutique, écologie, médicale, etc.) . L’enseignement  est organisé en cours-TD etTP sur informatique (avec l’utilisation de logiciels spécifiques de calcul Bayésien).

Nombres d'heures

24h

Mode d'évaluation

Compte-rendu de TD-TP

Bibliographie

Robert, C.P.  (2006) : Le choix Bayésien – Principe et pratique. Springer.
Bishop, C.M. (2006) : Pattern recognition and machine learning (chapter 8). Spinger.

Plans d'expériences

Responsable

Intervenants

François Husson, Marc Danzart

Objectif

Construction de plans d'expériences avancés utilisables dans l'industrie agro-alimentaire.

Programme

  • Plans d'expériences en agro-alimentaire
    • Plans en bloc incomplet équilibré
    • Plan D-optimaux
    • Plan de mélange
  • Etude des surfaces de réponses
    • Recherche d'un optimum sur une surface de réponse
    • Recherche d'un optimum dans plusieurs surfaces de réponse

Nombres d'heures

9h de cours

Programmation Python

Responsable

Gabriel Jalam

Intervenants

Gabriel Jalam, Sébastien Lê

Objectif

Réaliser une application en Python qui appelle R en combinant connaissances en Python  et en statistiques (analyse factorielle, modélisation).

Nombres d'heures

15 heures de cours

Mode d'évaluation

Projet

Programmation SAS

Responsable

Intervenants

Objectif

Programmer une macro SAS permettant de réaliser une analyse en composante principale avec l’algorithme NIPALS.

Nombres d'heures

15 heures de cours

Mode d'évaluation

Examen écrit et projet

Sensométrie avancée

Responsable

Intervenants

Objectif

Manipuler des jeux de données complexes; comparer les méthodes de recueil de données sensorielles

 

Programme

Présentation des méthodes holistiques : catégorisation, napping, napping catégorisé.

Comparaison de méthodes d'analyse sensorielle

Données de préférences

Nombres d'heures

12 heures de cours

Visual Basic pour Application et RExcel

Responsable

Gabriel Jalam

Intervenants

Gabriel Jalam, Sébastien Lê

Objectif

Réaliser une application dans Excel qui appelle R en combinant connaissances en VBA et en statistiques (analyse factorielle, modélisation, sensométrie).

Programme

  • Langage VBA.
  • Langage VBA développé pour RExcel.

Nombres d'heures

15 heures de cours

Mode d'évaluation

Projet

Projet d'ingénieur

Programme

Le projet d’ingénieur peut-être de deux types :

  • une étude de cas complète, comportant une phase de recherche bibliographique, un recueil de données, la mise en œuvre de différentes méthodes, leur comparaison et l’analyse de leurs apports respectifs quant au problème considéré ;
  • une recherche méthodologique, articulée autour d’une problématique concrète.

Ressources d'Agrocampus pour les étudiants :

Les étudiants ont accès à toutes les facilités d’Agrocampus en matière de professionnalisation :

  • ils bénéficient de conférences sur les débouchés professionnels (le forum emploi en début d’année: 31 organismes présents, 61 offres de stages et 12 offres d’emplois),
  • ils ont accès à la cellule d’insertion professionnelle qui organise des simulations d’entretiens d’embauches, met à disposition des élèves une documentation spécialisée sur les métiers, les entreprises, les organismes, en vue de la recherche d'emploi....

Ressources du laboratoire de mathématiques appliquées :

Pour favoriser l'insertion professionnelle des étudiants le laboratoire de Mathématiques appliquées propose également :

  • des conférences de professionnels,
  • des contacts fréquents avec les anciens étudiants permettant de garantir un enseignement proche des besoins des entreprises et une bonne insertion professionnelle des étudiants (stage ou recherche d'emploi).